डॉ. क्षीरसागरांनी रेशीम कीटक अनुवंशशास्त्रांतर्गत काही शोधनिबंध प्रसिद्ध केले व रेशीमनिर्मिती व्यवसायावर दोन मार्गदर्शक पुस्तके लिहिली. ते १९६४मध्ये अखिल भारतीय खादी ग्रामोद्योग आयोगाच्या पुणे येथील केंद्रीय मधमाशा संशोधन व प्रशिक्षण संस्थेत वरिष्ठ संशोधन अधिकारी म्हणून रुजू झाले. तेथे डॉ.गो.बा. देवडीकर यांच्या मार्गदर्शनाखाली त्यांनी मधमाशा कीटकशास्त्र विभाग व प्रशिक्षण प्रमुख म्हणून काम केले. मधमाशांचे विकृतिशास्त्र, जंगली आग्या मधमाशा (अ‍ॅपिस डोरसाटा), फुलोरी मधमाशा (अ‍ॅपिस फ्लोरा), घुंघुरट्या मधमाशा (ट्रिगोना इरिडपेनिस) यासंबंधीचेही मूलभूत संशोधन केले; ते पूर्वीचे तंत्रज्ञान सुधारण्यास साहाय्यभूत ठरले.
डॉ. क्षीरसागर यांनी सर्व प्रकारच्या भारतीय मधमाशांच्या मोहोळातील राणीमाशी, कामकरीमाशी आणि नर मधमाशी या तीनही घटकांच्या जीवसांख्यिकी, वर्तनवैशिष्ट्ये आणि विकृतिशास्त्रासंबंधीचा तुलनात्मक, संशोधनात्मक अभ्यास केला. त्याचप्रमाणे मधमाशांच्या विविध प्रकारांची मूळ उत्पत्ती व कालानुरूप त्यांचा विकास होतो हे समजण्यास मदत होईल, असा तौलनिक संशोधनावर आधारित प्रबंध सादर करून पुणे विद्यापीठाची पीएच.डी. पदवी प्राप्त केली. भारतातील पाळीव सातेरी मधमाशा जगातील मधमाशांच्या ज्ञात घातक विकृतीपासून मुक्त होत्या, परंतु १९५०च्या सुमारास त्यांच्या मोहोळातील विविध कौटुंबिक घटक आणि त्यांच्या जीवनचक्रातील चारही वाढीच्या अवस्थांमध्ये काही रोगांचा प्रादुर्भाव दिसला. या विषयांवर डॉ.क्षीरसागर यांनी सर्वांगीण मूलभूत संशोधन केले, त्यामुळे मोहोळांचे त्यासाठीचे विशेष व्यवस्थापन प्रमाणित करणे शक्य झाले व मोहोळांच्या विनाशावर बर्‍याच प्रमाणात नियंत्रण मिळवता आले.